Une relecture du plan terrier du corps de logis de la Villa gallo-romaine de Basse-Wavre et des descriptions de vestiges, associée à un réexamen du matériel permet de proposer une chronologie plus fine que celle avancée en 1905. D'emblée, l'observation de la stricte symétrie du bâtiment par rapport au bloc basilical central ainsi que la modulation rigoureuse du plan et des espaces de fonctionnement font penser à un programme architectural initial sur lequel on serait venu greffer, dans un second temps, les grands bains à l'ouest et l'énorme pièce de réception et d'apparat (plus de 80 m²), à l'est.
A l'heure actuelle, l'époque exacte de la création de la Villa reste inconnue.Son origine remonterait aux règnes des empereurs Tibère et Claude (de 14 à 54 de notre ère) comme semblent le prouver quelques objets typiques de cette période dont un fond de sigillée (Drag. 18 signé de VOLVS(IVS)). Toutefois, la phase principale de l'occupation du corps de logis est assurée dès l'époque Flavienne (69/96). Durant le Ier siècle, et vraisemblablement suite à un incendie, vinrent s'ajouter la grande pièce à l'est et le complexe des bains à l'ouest. Ce type d'aménagement en deux phases est courant dans les VILLAE du nord de la Gaule.
D'après les observations des structures archéologiques et du nombre élevé de tessons brûlés, il semble que la Villa ait été détruite par un incendie dans le courant du IIIème siècle. Cet incendie est peut-être à mettre en relation avec la période des invasions germaniques que l'on situe entre 254 et 276 de notre ère. Quelques indices tendent à prouver que le site fut réoccupé partiellement au IVème siècle, mais il est possible que ceux-ci soient simplement intrusifs.